Em São Paulo D. Francisco chegou a São Paulo em maio de 1599 com grande comitiva. Estava vindo do Espírito Santo, onde havia ficado entre outubro e novembro de 1598 em busca de metais preciosos. Em São Paulo, visitou as minas de Araçoiaba de Afonso Sardinha o Moço; Bacaetava, São Roque e Jaraguá. Ao chegar, encontrou em atividade mineração de ouro, mas em pequena escala, no litoral e vizinhanças da capital. Dizia-se que Brás Cubas, o fundador de Santos, descobrira ouro e metais. Em 1578 seria corrente a notícia da existência das minas de ouro e prata da capitania de São Vicente, segundo súdito inglês residente em Santos.
Nomeou Diogo Gonçalves Laço capitão das minas de ouro e prata do Ibiraçoiaba: na ocasião, declarou seus descobridores Afonso Sardinha o Moço e Clemente Alvares. No regimento a Laço, ordenou aos dois Afonso Sardinha as diligências que Nicolau Barreto executaria no ano seguinte, acompanhado por Sardinha, o Moço, morto no sertão em 1604.
Enviou a primeira grande bandeira paulista, comandada por André de Leão, morador do Rio de Janeiro, ao trecho do rio Paraíba e, transposta a serra da Mantiqueira, entraram em território hoje mineiro, dizendo-se que pode ter chegado à bacia do São Francisco. Nela seguiu como prático o holandês Wilhelm Jost ten Glimmer, morador de Santos, que forneceria o roteiro da jornada a João de Laet (escritor holandês da «Descrição das Indias Ocidentais» em 1625). Como dirigentes, um morador de Santos e outro do Rio, conhecedores da penetração pelas vias do Quilombo e de Parati. A diretriz usual era a de Atibaia ou Sapucaí, através do vago «sertão de Parnaíba». As bandeiras quinhentistas ganhavam com mais facilidade a região do Guairá do que o próximo vale do Paraíba, pela profunda desigualdade da flora desses terrenos. Os santistas foram os primeiros a penetrar ali, seguindo o vale do rio Quilombo e se localizando em Mogi das Cruzes, antiga sesmaria de Brás Cubas, o primeiro a tatear tal caminho para penetrar no sertão das Minas. Os de São Paulo obtinham comunicação penosa com Moji pela via do rio Anhembi. Graças a Dom Francisco, uma estrada ligou os dois núcleos de povoamento. Já os moradores do Rio conheciam bem o vale médio do rio Paraíba, pela via de Parati. Obscuras bandeiras de apresamento, porém, iam pentrando o interior, tanto que não se abandonava a esperança dos achados mineiros.
André de Leão permaneceu nove meses no sertão mas nada encontrou de jazidas. Em agosto de 1602 D. Francisco enviou a bandeira de Nicolau Barreto, com centenas de homens, autorizado a descobrir ouro e prata, mas retornaram em 1604 com desilusões. Voltou-se então o governador para «as minas de ferro e aço».(http://migre.me/8uPG1)
André de Leão permaneceu nove meses no sertão mas nada encontrou de jazidas. Em agosto de 1602 D. Francisco enviou a bandeira de Nicolau Barreto, com centenas de homens, autorizado a descobrir ouro e prata, mas retornaram em 1604 com desilusões. Voltou-se então o governador para «as minas de ferro e aço».(http://migre.me/8uPG1)
