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A fundação de São Vicente, por Martim Afonso de Souza, em 1534, no litoral de São Paulo, iniciou o processo de exploração das terras da colônia e acelerou a submissão dos indígenas. Não poucas vezes os padres protestaram, sem êxito, ao rei contra a violência que praticavam os conquistadores, fossem portugueses ou espanhóis. No Sul, padres missionaram em aldeias localizadas nas imediações de Paranaguá, São Francisco, Ilha de Santa Catarina e Laguna. Ao mesmo tempo, incrementaram-se as expedições em busca de escravos índios. A disseminação de doenças, como a gripe, a varíola, o sarampo, a tuberculose, tornou-se comum. Entre Cananéia e Laguna, os carijó desapareceram no primeiro século da invasão européia. O reconhecimento das terras entre o mar e a Serra Geral foi rápido. Ocorreu, além da preação de índios, da exploração de madeiras e de produtos agrícolas de domínio indígena, a busca de jazidas de ouro e de pedras preciosas. De São Paulo, fundado em 1554, partiram para o interior grupos de aventureiros em busca de riquezas e de escravos. Em direção ao sul-sudoeste, os rios Tietê, Paranapanema e Paraná assumiram o papel de rotas de penetração.Muitos paulistas, que vinham ao sul capturar índios para vendê-loscomo escravos nos mercados de São Vicente e Bahia, foram se fixando no litoral. A união das coroas espanhola e portuguesa, entre 1580 e 1640, aboliu os limites fixados pelo Tratado de Tordesilhas. Os aventureiros puderam, assim, explorar livremente o sertão e, quase que por um paradoxo, asseguraram a formação do que atualmente é o Sul do Brasil.
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