Nasceu por volta de 1582, em Portugal.
Foi o quarto dentre os seis filhos do português ANTONIO PRETO e de F... ANTUNES.
Em 1582, Manoel veio para o Brasil com seu pai, na armada de Diogo Flores de Valdez.
Instalou-se na vila de São Vicente. Mais tarde, mudou-se para a vila de São Paulo.
Manoel foi um dos maiores sertanistas do século XVII e, desde 1602, caçava índios no sul do Brasil.
Participou da expedição de Nicolau Barreto ao Guairá.
Em 1606, percorreu novamente a região e, ao regressar de Vila Rica do Espírito Santo, arrebanhou inúmeros temiminós de paz, trazendo-os a São Paulo. Nos anos seguintes continuou explorando essas paragens.
Em 1612, Manoel foi o fundador da capela de Nossa Senhora da Expectação do Ó, em sua fazenda, hoje o bairro Freguesia do Ó, em São Paulo.
Em 1619, após muito explorar a própria capitania à procura de minas, já como Mestre-de-campo, foi assaltar as reduções jesuíticas de Jesus Maria, Santo Ignácio e Loreto.
Em 1623 e 1624, comandou nova entrada ao Guairá, destruindo algumas reduções jesuíticas e trazendo numerosa escravaria indígena para São Paulo.
Casou-se com ÁGUEDA RODRIGUES, filha do português GONÇALO MADEIRA e da brasileira CLARA PARENTE.
Manoel faleceu provavelmente no início de 1630, nos sertões de Santa Catarina. A notícia chegou a São Paulo em 22 de Julho de 1630.
Foi pai de três filhos e três filhas:
1.1. MANOEL PRETO, O MOÇO, casado com ANNA CABRAL, filha do açoriano CAPITÃO MANOEL DA COSTA CABRAL e de sua primeira esposa, a brasileira FRANCISCA CARDOSO, A FILHA. Manoel faleceu em 1637, no sertão, na bandeira. Após a morte de Manoel, Anna casou-se pela segunda vez, em 1638, em São Paulo, SP, com o Capitão Domingos Luís Leme, filho de ANTONIO LOURENÇO e de sua primeira esposa, MARINA DE CHAVES. Após a morte de Anna, Domingos casou-se pela segunda vez, em Guaratinguetá, SP, com Leocádia de Vasconcellos.
1.2. Antonio Preto, casado em 1632, em São Paulo, SP, com Catharina da Ribeira, filha do Capitão-mor Amador Bueno da Ribeira e de Bernarda Luís Camacho. Após a morte de Antonio, Catharina casou-se pela segunda vez, em 1634, em São Paulo, SP, com o Capitão-mor Antonio Ribeiro de Moraes, Governador da Capitania de São Vicente, filho de Francisco Ribeiro e de Maria de Moraes. Sem filhos. Catharina faleceu em 1676, e Antonio faleceu em 1686, em São Paulo, SP.
1.3. CLARA PARENTE, A NETA, nascida em São Paulo. Casou-se com JERÔNIMO BUENO, filho do espanholBARTHOLOMEU BUENO DA RIBEIRA e da brasileira MARIA PIRES. Jerônimo foi morto no sertão em 1644, juntamente com toda a tropa da qual era Capitão-mor.
1.4. Maria Antunes, casada com o Capitão Francisco Cubas, filho de GASPAR CUBAS FERREIRA e de ISABEL SOBRINHO.
1.5. ANTONIA PRETO, casada em 1630, em São Paulo, SP, com BALTHAZAR DE GODOY, O FILHO, filho do espanhol BALTHAZAR DE GODOY e da brasileira PAULA MOREIRA. Antonia faleceu em 1632, e Balthazar casou-se pela segunda vez, com Maria Jorge, filha do português Francisco Jorge e de Isabel Rodrigues. Balthazar faleceu em 1679, em Mogi das Cruzes, SP.
1.6. João Preto. João faleceu em 1637, no sertão do rio Taquari. Solteiro. João foi bandeirante e participou da bandeira de Francisco Bueno ao rio Taquari, durante a qual faleceu.
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